谷氨酰胺合成酶（GS）是将谷氨酸盐和氨合成谷氨酰胺的催化酶，正常肝脏染色定位于中央静脉周围的1-2层肝细胞。局灶结节性增生呈弥漫状的地图样，常围绕肝静脉，尤其对于肝穿刺活检更有价值。在肝细胞腺瘤和肝细胞癌都可阳性表达，一种为弥漫阳性，另一种为阴性（完全阴性或者局灶性散在阳性）。结合HSP70及Glypican 3对肝细胞腺瘤和肝细胞癌更有鉴别价值（2个及以上阳性提示肝细胞性肝癌）。

HePpar-1又名Hepatocyte paraffin 1或OCH1E5.2，是肝细胞特异性标志物，定位于细胞质，呈粗颗粒状染色。正常肝细胞阳性，肝内胆管上皮细胞阴性。正常小肠黏膜可以呈局灶性染色，但局限于吸收细胞，其它细胞呈阴性。大部分肝细胞癌阳性，且分化越高，阳性越强。部分胃或肺的肝样腺癌可呈阳性。生殖细胞肿瘤中的肝细胞样分化成分也可阳性。在肝脏良恶性疾病的研究中常与Arg-1、AFP、GPC3等联合应用。

Glypican 3（GPC3）属于硫酸乙酰肝素多糖家族成员。是一种癌胚蛋白，表达于胎儿肝、肾和滋养细胞，其它正常组织不表达。是肝细胞癌的敏感及特异的标记物，其表达与分化有关，分化越差，阳性表达越高。可与HepPar-1、CD34、CD10及AFP联合应用于肝细胞肝癌和肝脏转移癌以及异型增生性结节、肝腺瘤、肝硬化结节的研究。同时也高表达于卵巢卵黄囊瘤和绒毛膜癌。

精氨酸酶1（Arg-1）是一种新的肝细胞标记物，是肝脏尿素循环中的关键酶。丰富表达于正常肝细胞核浆中，其它正常组织不表达，对于不同分化程度的肝细胞癌均有较高的表达，分化越好阳性率越高，在分化差的肝癌中优于HepPar 1。在肝细胞癌诊断中，其敏感性高于AFP及HepPar 1，常与Glypican3联合用于肝癌及转移癌的研究。

热休克蛋白是一组进化上高度保守的蛋白质，机体细胞在热休克或受到其它外来刺激时诱导HSP产生，在许多肿瘤中呈高表达。研究发现HSP70的表达可能与肿瘤的发生、发展及预后有关。常与GPC3和GS一起用于肝细胞癌的研究。